Если вы не уверены, что файлов на ней нет, то тогда лучше всего зайти в "Мой компьютер" нажать правой кнопкой на флешку и выбрать пункт "Форматировать". 

 

После того, как вы форматнёте флешку. Она снова будет показывать, что не заполнена. Но и файлов на ней найти уже точно не получится. 

Если вы уверены, что файлы на ней есть, то вам нужно включить отображение скрытых файлов и папок (ссылку, на то как это делается, вы найдёте ниже). 

Если же включив эту функцию файлы опять не отображаются, то лучшим средством будет форматировать флешку вышеуказанным способом и записать файлы снова. 

Вообще, лучше всего флешку форматировать часто.